我國有高達七成機能性素材自國外進口，若扣除雞精，則有近九成機能性素材自國外進口。我國保健食品廠商有追隨歐美日等國保健食品流行走勢，國內保健食品廠商每年不斷蒐集國外機能性素材流行走向，引進國內，再以國內廠商特有之複方調配技術，搭配功效驗證，研發產品上市，因此，我國保健食品供應鏈較短，且產品差異程度不高，產品生命周期也較短。我國保健食品產業還是以國內市場為主，僅少部分廠商的產品外銷至東南亞及華人地區，而出口之保健食品使用之機能性素材，主要以使用具有本土特色之機能性素材為主；而機能性素材出口之廠商數目很少，以早期即已發展綠藻、藍藻等微藻，及近期發展之β-胡蘿蔔素等類胡蘿蔔素廠商為主。
我國保健食品廠商大都自國外進口機能性素材，歸結主因有：國內保健食品市場規模小，若無法開拓國外市場，僅以國內市場使用，不符合規模經濟；國內土地面積有限，原料缺乏；我國保健食品廠商規模大都屬於中小企業，資金缺乏，無法針對單一機能性素材長期投入與研究等，在在顯示國內廠商投入機能性素材的困難所在。
我國發展機能性素材的策略，在素材方面，可挑選本土素材、大宗穀物副產物或具國外發展潛力素材，將供應鏈中機能性素材環節(segments)予以加深研究開發，以獲得整體供應鏈最高的利潤總和。
目前我國開放的11項保健功效，通過的產品項數僅佔國內眾多保健食品的一小部分，國內廠商對於衛生署公告之11項保健功效之市場規模大小及廠商未來三年投入的意願，以調節血脂保健功效市場最被看好，目前調節血脂產品項數健康食品產品項數最多，再加上未來準備投入情況下，預期未來市場競爭激烈；另隨著出生人口逐年減少及高齡人口的增加，延緩衰老功效的產品市場亦被看好，以目前通過延緩衰老健康食品的產品項數僅佔通過項數的1.1 %來看，未來發展空間極大。
未來若要支持我國保健食品產業的發展，產品若僅銷售國內市場，將難以存活，未來我國本土性素材外銷，將以東南亞、中國大陸、東北亞等地，飲食習慣相似，而台灣生產之產品品質優於當地廠商生產，且價格低於歐美國家者，頗具潛力。
機能性素材將來應用的產品型態以機能性食品為主，目前國內市場規模超過億元的僅維生素、礦物質類產品為多，但基於將來能照顧廣大消費群，且真正能健全國內保健食品產業發展，應將機能性素材應用在食品型態產品為主，其中又以液態食品最被看好。
未來若要健全我國保健食品產業發展，有賴整合政府各單位技術及資源；並開放人體試驗委員會，讓我國保健食品提供更強而有力的人體試驗數據；建立保健食品產業平台等，讓各界充分運用供應鏈各環節資源的比較利益；甚至進一步促進跨領域的健康概念產業之發展，擴大保健食品的市場機會。