1930年代，歐、美即開始利用純菌醱酵生產有機酸、酵素；二次大戰後，更成功地發展出深層醱酵技術利用在量產盤尼西林、四環黴素及維生素等方面，1960年代的麩胺酸，1970年代的xanthan，1980年代的離胺酸，1990年代的色胺酸、酪胺酸、蝦紅素、胡蘿蔔素、廣效性抗生素cephalosporin、tylosin等等，皆是利用此技術量產化成功的例子，許多菌種也因基因工程技術的發展而達到商業化的高產出率，尤其是酵素、胺基酸、維生素、蛋白質藥物等，均已成功應用醱酵製程量產。在亞洲醱酵歷史更是悠久，但直到1990年代日本、中國等才有較大規模的工業級醱酵。現代醱酵技術可以說是自1970年代基因重組技術的導入開始發展，工業界從此可以針對細胞內部的了解加以利用以增進產量，而非僅僅限於生化製程與儀器設計的改進上面而已，使得現代醱酵技術生產的產品更加豐富而多樣化。在台灣，雖有味精醱酵工業因污染問題無法解決而遷廠海外的問題，但是發展現代化低耗能、低公害之醱酵工業仍舊是未來極重要的方向，如何從不斷的技術創新來提高競爭優勢，並積極跨進生物科技新興事業是國人應該努力的方向。
醱酵產業發展歷程可區分為三大階段，惟此三階段無法嚴格以時間切分，隨著各產品的特性不同，無論是傳統醱酵技術、近代醱酵技術、新醱酵技術在目前的產業中仍廣泛被應用。第一階段；傳統醱酵技術(1900以前~迄今)：以傳統麵包、酒、醋、醬油釀造技術、藻類培養等為主，並不講究純菌培養；第二階段；近代醱酵技術(1940~迄今)：以盤尼西林抗生素的醱酵量產技術為開端，利用超高產力的微生物突變菌株和能抗雜菌污染的大規模深槽醱酵反應器，進行抗生素、有機酸（如檸檬酸）、胺基酸（如味精）、酵素、飼料用酵母等的工業化量產；第三階段；新醱酵技術(1980~迄今)：包括基因重組、細胞融合、單株抗體生產、蛋白質工程、組織培養及生物反應器工程等新技術開始導入，它們的突破性發展與應用創造了現在的生物技術產業，也帶動了另一波新醱酵工業。
2000年全球生物技術產值預估為650億美元，到2005年預估將成長至1,025億美元。這些產值雖不全然由醱酵技術衍生，但絕大部份經由醱酵製程量產。相關市場規模如下：大宗醱酵產品，如生物法酒精、有機酸、胺基酸、工業酵素等年銷售值約為90~100億美金，特用化學品，主要為醫藥中間體及醫藥活性成份，其中醱酵組成物約為300億美金，重組蛋白藥物約為150億美金。換言之，整體醱酵相關產值約為550億美金左右，佔了總體生技產業的85%以上，而這個數值並未包括酒類與醬油等產業在內。據估計，全球醱酵產品市場值可達624億美元左右，而國內醱酵相關產業之總產值則約為800億台幣，需求規模約為1,000億元台幣左右，相關產品以內需型的食品為主佔67%，其餘產品所佔比例均低，重要的醫藥產品均仰賴進口。相對於全球市場在醫藥產業上的發展成就，新醱酵工程技術是否能落實於利基產業將會是值得我們極力追求的目標。國內醱酵產值若不計醬油、酒類則僅有200億台幣左右，僅佔全球的1%左右，未來尚有很大的空間，亟需我們的努力。