幹細胞依來源可以區分為胚胎幹細胞、成體幹細胞及臍帶血幹細胞，依分化程度分類則可以分為全能幹細胞、潛能幹細胞、多能幹細胞以及單能性幹細胞,幹細胞治療是最近幾年才逐漸發展成的新生醫療法，臨床治療最大的挑戰在於穩定的細胞來源，足夠的移植細胞量，以及能維持細胞活性的保存技術。目前幹細胞的分離、純化與收集技術，可說是取得治療材料的關鍵，而生物體外細胞工程與選殖、細胞株的增生培養，以及治療產品的製造，也都是此一治療所需的重要相關技術。
利用幹細胞及其產物細胞，可以治療包括神經性疾病、糖尿病、慢性心臟疾病、腎臟病、肝臟疾病、以及癌症等，還可以結合基因治療、組織工程及藥物開發等醫療或研究應用。而目前進行幹細胞治療研究的主要國家包括美國、英國、德國、瑞典、以色列、澳洲、新加坡、日本、中國大陸、韓國以及台灣等。
由於目前幹細胞產業仍在萌芽階段，應用範圍也十分寬廣，現有幹細胞公司大多需要自身擁有技術背景才能進行產品研發，因此在建立自有技術外，同時尋求技術合作對象是幹細胞公司的發展策略之一。而針對特定種類幹細胞進行研究與應用開發，也能協助幹細胞公司集中資源，開發出幹細胞治療的方法。
整體來看，幹細胞治療現在仍受限安全性與治療效果的考量而未有普遍的應用，但是若要應用在人體上治療各種疾病，兼具安全性與療效則是最基本的條件。
加上幹細胞所具有的強大分化能力，不僅能運用在疾病治療方面，還有再生組織與再造器官的潛能。人們因此擔心幹細胞所帶來的複製問題，以及利用人類胚胎取得幹細胞產生的倫理道德爭議。
過去各國對於人類胚胎幹細胞的取得與使用仍有諸多限制，因此對人類胚胎幹細胞的研究並不多，但相關研究限制已有逐漸放寬的跡象。此外，也有越來越多的研究確認多能性成體幹細胞的應用價值，未來或許能避開胚胎幹細胞研究所引起的倫理爭論，應用於細胞療法、組織工程以及再生醫學。
然而種種限制並不會影響科學研究的持續進行，許多研究人員依然將幹細胞視為治療多種疾病的好方法，也是再造人體器官最重要的材料。在現今人類仍受到各種疾病威脅的情況下，科學家們將會嘗試不同的方法來解決這方面問題，以滿足人類共同的需求。