大學教授執行政府出資 (包括委託、補助) 之科學技術研究發展等各類研究計畫 (以下概以政府科研計畫稱之)，不實請領計畫經費而被檢察官起訴之情況，造成學界莫大恐慌。加上之前中央研究院人員執行政府科研計畫採購及研發成果運用所涉之圖利疑義，於科研領域所引起之軒然大波，我們可以發現，其實在政府科研計畫裡，不管是研發活動之執行，或是其後的研發成果運用，處處都有違法風險，且涉及效果最嚴厲的刑事責任；而更讓人困擾的是，因為政府科研計畫涉及國家公共資源之投入及使用，計畫相關執行人員有可能因此被判定為刑法上的公務員，適用針對公務員不法行為之貪污治罪條例，受到更加嚴厲的刑罰。
司法實務上動輒將政府科研計畫執行人員認定為公務員之狀況，引起法律學界關；不少學界意見認為，政府科研計畫大部分事項 (包括從事採購) 之執行，無涉公權力行使，因此執行人員並非刑法第 10 條第 2 項第1款後段之授權公務員，並不適用貪污治罪條例。但就算法律學界極力辨明，我們面對的司法現實是：執行政府科研計畫者，就有可能被訴以貪污犯罪。本文以下並不以法律見解論證為主要目的，而將焦點放在執行政府科研計畫中還有哪些重要事項或活動， 有被以貪污犯罪訴追的風險。