「醫藥產業年鑑2009」乃以讀者期待的產業資訊內容-全球製藥產業現況、產業/產品發展趨勢、產業/產品策略分析等為依歸，內容設計是以「新知」、「國際動態」、「實用性」及「預測」等屬性為考量，以提供最具前瞻性、專業性、實用性及時效性的醫藥產業資訊為目標，希能讓讀者及時掌握醫藥產業最新的脈動變化及謀略運用。
研究架構規劃內容如下：
概論篇：藉由全球及我國的醫藥產業現況介紹，帶領讀者先對醫藥產業的整體市場有了初步及全面的概念。進而就原料藥、學名藥、生技藥品、OTC及中藥製劑等產業，分章探討全球及我國之市場現況、主要廠商/產品、發展趨勢。
國家篇：從國家角度分析主要國家製藥產業現況，包括全球前3大市場-美國、日本及歐洲五國；未來最具發展潛力的中國及最具威脅的競爭國-韓國。
議題篇：有鑑於近年來醫藥產業之策略運用多樣化，本篇乃以「產業/策略面」角度切入，並希能提供企業界最具實用性的資訊，故以我國可運用之資源及全球聯盟/授權/併購之策略運用為主軸，內容涵括「我國健保藥品支付制度面面觀」、「新藥研發價值鏈的我國政府資源運用策略」及「全球聯盟與併購策略探討」等。
趨勢篇：就「產品面」、「技術面」的趨勢變化，以及「疾病面」之現代文明病與高齡老年疾病的需求趨勢等三構面，分別探討「全球研發產品趨勢」、「2008年上市新藥剖析」、「優質生活型態藥品趨勢」、「我國健保藥品趨勢」、「口服藥物傳輸技術之應用及發展趨勢」、「中草藥多醣體品管分析之困難與挑戰」、「精神病藥物之發展趨勢」、「心血管疾病藥物之發展趨勢」等議題。
展望篇：針對製藥產業之藥品市場、治療領域…等的未來發展預測，並就醫藥產業的趨勢變化來探討我國製藥產業的發展機會。
上述內容有多篇乃邀請多位專家執筆，由不同角度提供精闢的看法及意見。且「醫藥產業年鑑2009」所有的構思、設計及規劃，皆希望能作為業界及政府在未來佈局與政策規劃的參考。