口蹄疫與加入WTO等因素，挑戰國內飼料業者的經營能力。國內飼料產業在經歷多年發展後，具備良好海外擴展的實力與經歷。在兩岸經貿往來轉趨開放的情況下，兩岸飼料相關產業互動關係之探討成為本研究之重點。
本研究內容區分全球、台灣與中國大陸三部分，針對飼料原料、飼料供給、飼料需求、相關產業、WTO影響及法規等構面進行產業發展現況及趨勢探討，並就未來兩岸飼料產業之發展進行剖析。
研究結果發現，未來國內飼料市場需求量僅為697萬噸，雖然在市場有限及各種困難下，退出市場競爭的中小型廠商增加，但市場佔有率領先的龍頭廠商則紛紛提高產能，搶佔有限市場，使得市場競爭強勁，產能嚴重利用不足，開工率僅達33%。未來台灣飼料產業除市場需求量有變動外，發展的方向亦會調整，包括環保配方受重視，利用副產品開發新飼料原料，開發可滿足機能性或有機畜產品需求之特殊飼料，集團經營，策略聯盟，國際化發展，及朝生物科技產業發展等。
大陸飼料產業雖可預期未來市場潛力仍大，但在目前總體經濟不佳，肉品市場需求未能有效打開，產業內又面臨廠商數目過多，多數廠商產能低落，整體產業產能過剩，開工率僅42%的情況下，產業發展並不理想。對於加入WTO帶來的市場開放，目前各界看法不一，但養豬產業具優勢，未來具出口潛力的事實不容忽視。未來飼料廠商若能針對分散飼養的市場投入，或大陸整體養殖規模改變，3~5年後配合總體經濟景氣的好轉，相信飼料仍有相當廣大的潛在市場。
因飼料為內需型產業，飼料生產多數利用於滿足內部養殖之需求。因此，單就兩岸飼料產業競爭力之評比，並無意義。未來應朝向各自的立基與互動關係發展，尤其是普遍台灣飼料廠商赴大陸投資的情況，比較利益的獲致應是未來經營的重要關鍵。