原生保健菌(Probiotics)於國內外發展已有多年歷史，近年在各界關注下，逐漸受重視。此類產品研究對象主要為乳酸桿菌與雙歧桿菌，國內不論政府或業界正積極進行產業政策的研擬及產品的研發。
目前原生保健菌多應用於乳製品、保健食品、飼料添加與製藥業，藉其改善消化道功能，達整腸的效用。歐洲及日本市場發展較為成熟，歐洲以發酵乳品為主，市場規模約達10億美
元；日本則將其成功應用於保健食品上，市場規模達979億日圓，另發酵乳品亦有3,000億日圓的市場。台灣原生保健菌多應用於發酵乳品業，自1998年下半年開始產品在市場上備受矚目，菌株的耐性是廠商宣傳的重點，1998年國內約有14億元之市場規模，預估1999年仍有大幅成長。另，膠囊、粉末及錠劑類產品近二年發展快速，市場潛力看好。而飲料類產品則於日本及大陸有不錯之發展，目前台灣並無此類產品，未來具發展潛力。
目前紅麴的應用主要集中於天然色素與降膽固醇物質(monacolin K)的應用，另亦使用於酵素生產、廢水處理、飼料添加及化妝品。
在全球食品消費追求健康自然的趨勢下，對天然色素之需求將大幅提升。1997年全球紅麴色素產值僅約1,500萬美元，其中紅麴色素在日本已為使用量第二大的天然色素，未來於歐洲地區之發展潛力亦被看好。利用紅麴開發之健康食品目前於美國與日本均有產品上市，1998年美國對monacolin K含量(0.4%/g)之產品需求超過50公噸，日本市場雖不及10億美元，但未來發展潛力看好。中國大陸雖為紅麴的主要輸出國，但僅少數應用於保健食品，發展潛力受限。台灣數年前已有此類產品於市場中銷售，但銷售成績並無突出，1999年開始順應國外的紅麴風潮，預期國內市場亦將掀起一陣旋風。